微生物修复是指利用微生物的生命代谢活动减少土壤环境中有毒有害物的浓度或使其完全无害化，从而使污染了的土壤环境能够部分或完全地恢复到原初状态的过程。在修复工程中常利用微生物药剂来加速微生物的修复进程，主要有强化微生物药剂和微生物菌剂两种药剂：

(1) 强化微生物药剂：提供满足土著微生物生长所必需的环境条件，诸如提供营养物质，电子受体等。

营养物质：微生物的生长需要维持一定量的C∶N∶P 比例, 需要多种营养物质及某些微量营养元素。许多研究者对微生物修复的最佳生态条件建议指出, C∶N∶P 最佳比值为 100∶10∶1。

电子受体：微生物氧化还原反应的最终电子受体包括溶解氧、有机物分解的中间产物和无机酸根(如硫酸根、硝酸根和碳酸根等)。

(2) 微生物菌剂：向污染环境提供外源微生物，同时包括其生长所需的酶、基质等。环境修复中的微生物主要包括以下两种：

细菌(如：好氧细菌、厌氧细菌、兼氧细菌)可以在污染条件下，不断适应环境，产生降解能力。如通过特定酶的诱导和抑制产生基因突变，通过质粒转移获得利用特定污染物的能力。

真菌(如：软腐菌、褐色菌、白腐菌)对于一些大分子化合物表现出很强的降解能力，其中降解木质素的效果极为显著。

以上两种微生物药剂相辅相成，经常联合处理污染程度较轻或易生物降解的场地，而强化微生物药剂在土著微生物充足的情况下也可单独使用。